Penataan dan penguatan organisasi bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas organisasi kementerian/lembaga/pemerintah daerah secara proporsional sesuai dengan kebutuhan pelaksanaan tugas masing-masing sehingga tercipta organisasi yang tepat fungsi dan tepat ukuran. Penataan dan penguatan organisasi diarahkan untuk menciptakan organisasi pemerintah yang semakin sederhana dan lincah yang salah satunya ditunjukkan dengan berkurangnya jenjang organisasi.
Penguatan ketatalaksanaan bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, dan terukur pada Zona Integritas menuju WBK/WBBM. Target yang ingin dicapai pada masing-masing program ini adalah :
a. Meningkatnya penggunaan teknologi informasi dalam proses penyelenggaraan manajemen pemerintahan
di Zona Integritas menuju WBK/WBBM;
b. Meningkatnya efisiensi dan efektivitas proses manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju
WBK/WBBM;
c. Meningkatnya kinerja di Zona Integritas menuju WBK/WBBM